Si, porqué el hecho de que las facturas se formalicen ante notario no tiene nada que ver con las obligaciones fiscales de la empresa, por tanto deben de incluir el código QR y en caso que la empresa se adhiera al sistema Verifactu deberá enviarlas igualmente a la Agencia Tributaria a través de Verifactu.
Ahora bien, si la empresa está sujeta al SII (Suministro Inmediato de Información), en este caso no deberá hacerlo, pero no por el hecho de que se formalicen ante notario, sino porqué las empresas sujetas al SII, a la fecha de publicación de esta respuesta, quedan exentas de la obligación de incluir el QR en las facturas y también de Verifactu.